SPECIFICITES DEPOBIO

Cette documentation mentionne les spécificités et la configuration de l’installation de l’instance nationale du Ministère de la Transition Ecologique et Solidaire (MTES), dans le cadre du projet de Depôt Légal des données de biodiversité (https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/).

Pour l’installation de GeoNature, voir la procédure d’installation de GeoNature et ses dépendances (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/installation-all.rst).

Configuration Apache

Editez la configuration Apache de GeoNature et de TaxHub pour l’adapter au contexte de production.

Fichier /etc/apache/site-enabled/geonature.conf :

#Configuration GeoNature

Alias /saisie /home/ecrins/geonature/frontend/dist
<Directory /home/ecrins/geonature/frontend/dist>
    Require all granted
</Directory>

<Location /saisie/api>
    ProxyPass http://127.0.0.1:8000
    ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8000
</Location>

Fichier /etc/apache/site-enabled/taxhub.conf :

# Configuration TaxHub
RewriteEngine  on
RewriteRule    "taxhub$"  "taxhub/"  [R]
<Location /saisie/taxhub>
    ProxyPass  http://127.0.0.1:5000 retry=0
    ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:5000
</Location>
#FIN Configuration TaxHub

Le fichier /etc/apache/site-enabled/000-default.conf doit également être édité pour faire fonctionner le load balancing (Voir la configuration de la pre-prod pour l’adapter au serveur de production).

Configuration de l’application

Une fois l’installation terminée, il est nécessaire d’adapter les fichiers de configuration de l’application pour les besoins spécifiques de l’instance nationale.

Lancer le script pour effectuer automatiquement la configuration de l’application :

/home/<my_user>/geonature/install/install_all/configuration_mtes.sh

Il est cependant possible de modifier ces configuraitons. Le fichier /home/<my_user>/geonature/config/default_config.toml.example liste l’ensemble des variables de configuration disponibles ainsi que leurs valeurs par défaut.

Editer le fichier de configuration de GeoNature pour surcoucher ces variables :

sudo nano /etc/geonature/geonature_config.toml`

Ci-dessous, les paramètres de configuration pour l’instance de production.

Configuration des URLS

Les URLS doivent correspondre aux informations renseignées dans la configuration Apache et au Load Balancer. Elle ne doivent pas contenir de / final.

Pour la pré-prod, ajouter le préfixe « pp- » avant saisie et taxhub (naturefrance.fr/pp-saisie, naturefrance.fr/pp-taxhub/api) et adapter la configuration Apache en conséquence.

# URL d'accès à l'application
URL_APPLICATION = 'https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/saisie'
# URL de l'API de GeoNature
API_ENDPOINT = 'https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/saisie/api'
# URL de l'API de Taxhub
API_TAXHUB = 'https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/taxhub/api'

Clé secrète

Mettre un clé secrète personnalisée

SECRET_KEY = '<MA_CLE_CRYPTEE>'

Connexion au CAS INPN - gestion centralisée des utilisateurs

Bien changer les variables ID et PASSWORD avec les bonnes valeurs.

NB : pour la pré-prod, utiliser https://preprod-inpn.mnhn.fr

[CAS]
    CAS_AUTHENTIFICATION = true
    CAS_URL_LOGIN = 'https://inpn.mnhn.fr/auth/login'
    CAS_URL_LOGOUT = 'https://inpn.mnhn.fr/auth/logout'
    CAS_URL_VALIDATION = 'https://inpn.mnhn.fr/auth/serviceValidate'
    USERS_CAN_SEE_ORGANISM_DATA = false
    [CAS.CAS_USER_WS]
        URL = 'https://inpn.mnhn.fr/authentication/information'
        ID = '<THE_INPN_LOGIN>'
        PASSWORD = '<THE_INPN_PASSWORD>'

Configuration du frontend

Pour l’instance de pré-prod, rajouter « instance de démo » à la variable appName.

# Nom de l'application sur la page d'acceuil
appName = 'Depôt légal de biodiviersité - saisie'
[FRONTEND]
    # Compilation du fronend en mode production
    PROD_MOD = true
    # Affichage du footer sur la page d'acceuil
    DISPLAY_FOOTER = true

Après chaque modification du fichier de configuration, lancez les commandes suivantes pour mettre à jour l’application (l’opération peut être longue car il s’agit de la recompilation du frontend).

Depuis le répertoire backend de GeoNature

source venv/bin/activate
geonature update_configuration
deactivate

Configuration de la cartographie

Pour l’instance nationale, l’application est fournie avec des fonds de carte IGN (Topo, Scan-Express et Orto).

Pour modifier cette configuration par défaut, éditer le fichier de configuration cartographique frontend/src/conf/map.config.ts, puis recompiler le frontend (depuis le repertoire frontend, lancer npm run build).

Configuration du module Occurrence de taxon: OCCTAX

Le fichier de configuration du module Occtax se trouve dans le fichier <GEONATURE_DIRECTORY>/external_modules/occtax/config/conf_gn_module.toml.

Le script de configuration spécifique de l’instance nationale remplit ce fichier avec les bonnes configuration.

Le fichier <GEONATURE_DIRECTORY>/external_modules/occtax/config/conf_gn_module.toml.example liste l’ensemble des variables de configuration du module Occtax ainsi que leurs valeurs par défault.

Après chaque modification du fichier de configuration, lancez les commandes suivantes pour mettre à jour l’application (l’opération peut être longue car il s’agit de la recompilation du frontend).

Depuis le répertoire backend de GeoNature

source venv/bin/activate
geonature update_module_configuration occtax
deactivate

Pour plus d’information sur la configuration du module Occtax, voir la documentation concernant le module (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/admin-manual.rst#module-occtax).

Référentiel géographique

Sur l’instance nationale on charge dans le référentiel géographique l’ensemble des communes du territoire français, ainsi qu’un MNT (modèle numérique de terrain) national de résolution 250m (pour le calcul automatique des altitudes pour chaque observation).

http://geonature.fr/docs/img/admin-manual/design-geonature-mtes.png

Connexion et droits dans GeoNature

  • A chaque connexion via le CAS INPN on récupère l’ID_Utilisateur. On ajoute cet utilisateur dans la base de données de GeoNature (utilisateurs.t_roles et utilisateurs.bib_organisme) et on lui affecte des droits CRUVED par défaut.
  • On assigne à l’utilisateur le « socle 1 » (C1-R1-V0-E1-D1). Il pourra voir seulement les données qu’il a saisi lui-même et les JDD qu’il a créé dans MTD.

NB sur la gestion des droits dans GeoNature :

  • 6 actions sont possibles dans GeoNature : Create / Read / Update / Validate / Export / Delete (aka CRUVED).
  • 3 portées de ces actions sont possibles : Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données.

Récupération des JDD

Grâce à l’API de MTD, il est désormais possible d’ajouter les jeux de données (et des cadres d’acquisition) créés dans MTD dans la BDD GeoNature.

  • On récupère la liste des JDD créés par l’utilisateur grâce à l’API MTD au chargement de la liste déroulante des JDD :

https://xxxxx/cadre/jdd/export/xml/GetRecordsByUserId?id=<ID_USER>

  • On récupère l’UUID du cadre CA associé au JDD dans le XML renvoyé et on fait appel au l’API MTD pour récupérer le fichier XML du CA :

https://xxxxx/cadre/export/xml/GetRecordById?id=<UUID>

  • On ajoute le CA dans la table gn_meta.t_acquisition_framwork et les JDD dans la table gn_meta.t_datasets. Si le CA ou les JDD sont modifiés dans MTD, ils seront également modifiés dans le BDD GeoNature.
  • Dans la table gn_meta.cor_dataset_actor on fait le lien entre les acteurs et le JDD. On ajoute l’utilisateur qui a créé le JDD comme « Point de contact principal » du JDD. Si on dispose de l’ID_Organisme de l’utilisateur, on ajoute également l’organisme comme « Point de contact principal » du JDD.
  • Pour remplir cette table on ne prend pas les infos renvoyés par le XML JDD sous l’intitulé « Acteur » puisque l’ID_Organisme ou l’ID_Acteur n’est pas renseigné. (Dans la table gn_meta.cor_dataset_actor, il faut obligatoirement un ID).
  • La question de la suppresion de JDD et des CA n’est pas résolue. Si un JDD est supprimé dans MTD, qu’est-ce qu’on fait des données associées a celui-ci dans GeoNature ?